《轩辕剑3云和山的彼端重制版》在游戏画面方面进行了全面升级，原本的像素画面被替换为高清画面，细节更加清晰，色彩更加鲜明。游戏中的场景、角色和特效都得到了极大的提升，使整个游戏世界更加逼真，玩家可以更好地沉浸其中。
在剧情方面，重制版对角色形象进行了深入刻画，他们的背景故事和情感纠葛得到了更详尽的描绘。玩家可以更好地了解每个角色的动机和内心，与他们建立更紧密的情感联系。
同时，重制版还新增了一些引人入胜的剧情线索和支线任务，丰富了游戏的内容和可玩性。完成这些任务不仅能让玩家了解更多的故事背景和世界设定，还能获得更多的奖励和成就感。
中国的传说年代，人与魔之争时，人类使用一把神兵利器－轩辕剑，屡败魔族，创世神认为人类与魔族无法共存，于是再从浑吨中创造新天地，将魔族移居到别的世界，从此结束了传说时代的战争，开始人类世界的历史。这些传说，随着时间逐渐被人遗忘；而神兵利器出世的传闻，却从不间断。除了轩辕剑，还有创世神开天辟地使用的神器炼妖壶在上古英雄的手中辗转流传，在这些古人的庇佑下，中国到了文化鼎盛的时代－－唐朝。唐朝的太平盛世景象，从举世闻名的丝路，传到世界各大文明国度中，许多商人都在世界各地，讲着关于他们在丝路旅行的故事。文化、文明因此频繁的交流着。本来，这个时代应该是不需要再有新的神话故事，但是，神话时代就存在的轩辕剑，却又有新的传奇在人间流传出来。
