《轩辕剑3外传：天之痕》的故事，发生在《轩辕剑叁》的一百五十年前，背景是中国的隋朝。在公元601年，陈国遗民集结了数万兵马，兴兵反抗，意图复国。隋文帝立即下令平乱，然而让陈国反抗军讶异的是：朝廷的平乱部队竟然只有二十人不到之兵马，而为首之人，竟是一位年仅十岁之少年！
这位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的「黄金之剑」，在仅仅一击之间便将数万陈国反抗军马一瞬消灭殆尽、灰飞烟灭。神秘少年与天下无敌之黄金剑「轩辕剑」威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。
十六年后，隋炀帝时代，男主角「陈靖仇」奉师父之命，踏上寻找传说中五样中原上古神器之旅。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是「靖北虏，复国仇」的意思）。
由于十六年前历经那场惊心动魄之噩梦，师父深知自己绝对无法敌过那位手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之五样上古神器：伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。本作故事，就随着这场艰辛的复国之旅，逐页展开。
